Bei Hunden gibt es viele Erkrankungen und Verletzungen, bei denen Physiotherapie oder Strukturelle Integration sinnvoll sind: Wachstums- und Entwicklungsstörungen, Erkrankungen der Muskeln, Sehnen und Bänder, Knochenbrüche, Arthrose und Arthritis, neurologisch bedingte Erkrankungen der Muskulatur oder Wirbelsäulenerkrankungen mit neurologischen Symptomen. Hinzu kommen Altersbeschwerden, unfallbedingte Verletzungen und Rehabilitation nach Operationen.
Grössere Hunde sind anfälliger auf Hüftdysplasie oder Ellbogendysplasie als kleine Hunde. Eine strenge Kontrolle der Zuchthunde, wie zum Beispiel beim Labrador Retriever, hat die Häufigkeit dieser Krankheitsbilder bei einigen Rassen gesenkt.